Popůvky u Kojetína nejprve vlastnili pražští biskupové, později samé ženy

Nejvýznamnější nález však učinili přímo v polích u Popůvek detektoráři poměrně nedávno, kdy se jim podařilo objevit depot mincí a zlomkového stříbra z 10. století. Nález je velmi zajímavý, protože podobné depoty, ze stejného období, byly spíše objevovány na severu v oblasti Polska a Slezska. Jsou spojovány s Vikingy. Mezi mincemi jsou i zástupkyně platidel z tehdejšího islámského světa, což svědčí o čilém obchodním ruchu v okolí Popůvek. Možná i díky tomu bylo u Popůvek už v době bronzové postaveno hradisko, jehož zbytky, osídlené později i Kelty najdeme asi půl kilometru od vesnice.

Popůvky byly od počátku své existence součástí panství spravovaného z města Kojetín. V roce 1280 je v listinách zaznamenána dvojice manů pražského biskupa, kterému panství patřilo, Ospel a Mnihus z Popovic. Právě jméno Popovice dnešní Popůvky tehdy nesly. O přibližně sto let později zaznamenávají listiny Bohuňka a Jarka z Popovic a následně i držitele z rodu zemanů z Pačlavic. Zástupci tohoto rodu se pak objevují v držbě obce ještě jednou v 15. století.

Kryštof z Popovic pak se souhlasem krále Jiřího z Poděbrad prodal své manství v roce 1471 Janu Heraltovi z Kunštátu a 12. května 1489 udělil král Vladislav Jagelonský panu Ctiborovi z Cimburka a z Tovačova výsadu, že manství Popovice, nemůže být nikým a nikdy vyplaceno, než jen pražským arcibiskupem. Statek přešel na rod Cimburků po smrti zástavního držitele Jana Heralta z Kunštátu a Plumlova.

Tím byla manská funkce statku výrazně omezena a později manství zaniklo zcela. Obec byla spravována, stejně jako celé panství z Tovačova. Na počátku 16. století listiny uvádějí v Popůvkách dva hospodářské dvorce a také blíže nespecifikované rybníky.

Za třicetileté války prošla vesnicí vojska několikrát. V roce 1643 zde dokonce tábořily císařské voje pod vedením hraběte Gallase. Naopak u Mostěnice leželi Švédové pod velením generála Torstenssona. Plenila obě vojska, takže lehká doba to pro obyvatele obce rozhodně nebyla. Po Bílé Hoře bylo panství opět přiřčeno do vlastnictví pražského arcibiskupa. V roce 1725 arcibiskup Ferdinand hrabě z Künburka věnoval panství Marii Alžbětě z Lichtenštejna, vévodkyni šlesvicko-holštýnské.

I v dalších letech obec vlastnily ženy. Po smrti vévodkyně to byla její dcera Marie Terezie, kněžna Kaunitz-Rittberg a v roce 1794 zase její dcera Eleonora, provdaná hraběnka Metternich – Winneburg. Pak sice nakrátko statek od roku 1825 spravoval Viktor kníže Metternich, ale po něm v roce 1878 dědila majetek v obci Pavlína Metternich-Winneburg a následně i v roce 1924 Žofie kněžna Oettingen-Spielberg.

Už v 18. století si v Popůvkách místní postavili kapli sv. Prokopa. Jinak obec byla vždy příslušná k farnosti v Kojetíně. Kromě toho je v obci chráněná památkovým zákonem i socha svaté Anny Samotřetí. V roce 1890 žilo v obci kolem 240 obyvatel v 45 domech. Od roku 1976 jsou Popůvky součástí Kojetína.