Klášter Milosrdných bratří sloužil obyvatelům Prostějova od 18. století

Místo, kde dnes kostel a klášterní budova stojí, bývalo za městskými hradbami. Odpradávna zde stál obecní dvorec, který se podle předchozích majitelů nazýval Žalkovský nebo také Schellenbergův.

Ke dvoru přiléhala zahrada, ke které byl přikoupen pozemek pro budoucí klášterní hřbitov. V roce 1733 dvůr zakoupil řád Milosrdných bratří, který do Prostějova přišel na pozvání Marie Anny z Lichtenštejna. Ta se rozhodla podpořit vznik prvního kláštera tohoto řádu v zemi jako poděkování za uzdravení jejího těžce nemocného syna Jana Nepomuka z Lichtenštejna.

Bratři nejprve adaptovali budovy dvora na provizorní nemocnici. V letech 1734 – 1736 byla vystavěna kaple sv. Jana Nepomuckého. V roce roku 1734 otevřeli i nejstarší lékárnu v Prostějově. Po dalším rozšíření zdejšího prostoru, v roce 1739 a zprovoznění nemocnice, se začalo hovořit o výstavbě klášterního kostela.

Podnět k jeho stavbě dal převor P. Narcis Schön a realizaci finančně podpořili opět Lichtenštejnové. Kněžna Alžběta darovala 10 000 zlatých. V roce 1751 byl položen základní kámen klášterního kostela a začala stavba, údajně podle návrhu Antona Erharda Martinelliho. Lichtenštejnský dvorní architekt však v té době už nežil, takže pokud plány vytvořil, stavbu nakonec upravil a vedl někdo z místních stavitelů. Slavnostně byl nový kostel sv. Jana Nepomuckého vysvěcen 5. října 1755 olomouckým světícím biskupem Janem Karlem Leopoldem ze Scherffenbergu. Potvrzuje nám to latinský nápis nad hlavním vchodem.

I po vysvěcení pokračovaly práce na výzdobě interiéru. Do nové lodi přibyly varhany, oratoř a boční oltář sv. Jana z Boha. Na výzdobě se podíleli italští mistři, ale i umělci místní. Mezi ně můžeme počítat například malíře Františka Antonína Sebastiniho, který vytvořil freskovou výzdobu, pražského sochaře a řezbáře Františka Ondřeje Hirnleho či sochaře a rodáka z nedalekého Lipníka Jana Schuberta. V roce 1766 bylo konečně hotovo.

V přilehlém klášteře bylo po založení zbudováno 18 lůžek pro nemocné, a postupně zde vznikala první prostějovská nemocnice. Od počátku sloužila převážně místní chudině. Zpočátku byl zdejší konvent součástí kláštera ve Valticích. Od roku 1757 už byl zdejší klášter samostatný.

Jako budovy konventu slouží částečně adaptované prostory dvorce. Jedná se o jednopatrovou budovu, která obklopuje čtvercový dvůr. Průčelní křídlo kryje průjezd a na něj navazuje dlouhý trakt bývalých hospodářských budov, postupně přestavovaný a dostavovaný. Budovy byly postupně dostavovány až do 19. století, kdy byl do zahrady vestavěn nemocniční pavilon.

Konvent si prošel mnoha dobrými i špatnými léty. Milosrdní bratři zde působili až do roku 1958. Ještě před tím řád zrušila německá správa a v klášteře zřídila vojenský lazaret. Na ten navázal lazaret ruský. Sotva dali bratři nemocnici do použitelného stavu, komunisté ji zestátnili. Kostel byl uzavřen a areál začal chátrat a sloužil jako sociální ústav.

 Po roce 1989 se areál vrátil do rukou řeholníků, kostel byl opraven, klášterní budovy však ne a stále chátrají. V sobotu 19. prosince 2015 se řád Milosrdných bratří opět rozloučil s Prostějovem a kostel dnes slouží farnosti. Zbytek areálu na využití zatím stále čeká.