Přerovský zámek je pokračovatelem hradního sídla zmíněného zde už v 11. století

Už v 10. a 11. století bylo místo na ostrohu nad řekou Bečvou prokazatelně opevněno. Důvod byl, prostý, zdejší hrad kontroloval přechod přes řeku a zároveň obchodní stezku, která vedla ve směru ze severu na jih a zároveň i z východu na západ. Ty se zde křížily a tak byl Přerov odpradávna velmi důležitým místem.

První zpráva o zdejším hradu pochází z roku 1046, ovšem listina je středověkým falzem. Prokazatelně existuje hrad v roce 1141, kdy je uváděn na listině olomouckého biskupa Jindřicha Zdíka. Tehdy byl Přerov sídlem hradského obvodu a byl v něm i důležitý kostel.

Hrad byl patrně v zeměpanském držení, ovšem býval často zastavován. Ve 13. století odolal náporu uherských Kumánů a dobyt byl až husity ve století patnáctém. Pak se jej na čas zmocnil Ctibor Tovačovský z Cimburka.

Na konci 15. století byl hrad v držení Albrechta Kostky z Postupic, nicméně je uváděn jako pobořený a neobyvatelný. V roce 1487 jej získal Vilém II. z Pernštejna a hrad postupně opravil. Hrad se tehdy skládal z paláce s kaplí a okrouhlé věže. Část pozdně gotických prvků se dodnes dochovala v dnešním zámeckém křídle severně od hlásky. Vratislav z Pernštejna zahájil ve druhé polovině 16. století přestavbu hradu na renesanční zámek. První nechal postavit východní křídlo se vstupním portálem. Postupně byla dostavěna tříkřídlá dispozice, oddělená od ostatní zástavby Horního města suchým příkopem překlenutým padacím mostem.

Pernštejnové drželi hrad až do roku 1596, kdy jej i s panstvím prodali městu Přerov. To si za svou vrchnost (protože již nebylo královským městem a nesmělo tedy vlastnit samo feudální dominium) vybralo rod pánů ze Žerotína. Zámek se pak stal sídlem nejslavnějšího příslušníka rodu Karla staršího ze Žerotína, který zde pobýval až do svého odchodu do emigrace do Vratislavi. Vrátil se sem až na své poslední dny před smrtí.  

Právě díky Karlu staršímu byla v letech  1612 až 1615 dokončena renesanční přestavba zámku. Přibylo druhé patro zámeckých budov i obytné patro věže, která navíc dostala hodiny. V příkopu byly zbudovány konírny a další obslužné objekty.

Později se držitelé přerovského zámku často střídali. Přesto došlo v 18. století k barokním úpravám původně renesančního objektu. Arnošt svobodný pán Petrasch nechal v roce 1772 opravit podobu obranné věže, která dostala podobu jakési vyhlídkové stavby. Další stavební úpravy pak byly provedeny za hrabat Magnisu, kteří drželi zámek v první polovině 19. století. Zámek dostal mansardové střechy, v jižním křídle byl zřízen balkon a z části příkopu se stala zahrada.

Pamětní deska rekonstrukce zámku v letech 1928 - 1930|foto:Miroslav Kobza, Český rozhlas

Už od poloviny 19. století nebyl zámek využíván jako obytná rezidence. Sídlilo zde vězení, kanceláře ale také třídy některých přerovských škol. V roce 1906 se do zámku přestěhovalo na 1400 sbírkových předmětů Muzea Komenského.

Od roku 1918 byl zámek v majetku města. V letech 1927 až 1930 byl zámek adaptován pro přednáškové a muzejní účely. Nutno říci, že ne úplně citlivě, kdy bylo porušeno mnoho historických stavebních konstrukcí i detailů. Muzeum zde sídlí i dnes. Zatím poslední rekonstrukce zámku proběhla v letech 1997 – 2007 a dnes je zámek opět ozdobou města.